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Title: Computer simulations of biomolecules: the case of the N-terminal PrP Cu binding site
Authors: Minicozzi, Velia
Morante, Silvia
Guerrieri, Francesco
Keywords: molecular dynamics simulation
copper
prion
octarepeat
Issue Date: 13-May-2008
Abstract: La proteina prionica umana lega gli ioni Cu+2 nel dominio octarepeat della coda N-terminale fino a raggiungere una occupazione piena ad un pH = 7,4. Recenti esperimenti mostrano che il sotto-dominio HGGG dell'octarepeat √© responsabile del mantenere il metallo legato in una configurazione planare quadrata. Utilizzando simulazioni di dinamica molecolare ab initio a partire da principi primi del tipo di Car Parrinello, viene studiata la coordinazione del Cu ai siti leganti della regione degli octarepeat della proteina prionica. Sono state condotte simulazioni per una serie di siti leganti strutturati. Sono presentati risultati per i complessi Cu(HGGGW)(acqua), Cu(HGGG), [Cu(HGGG)]2 and Cu(HGGG) + un imidazolo. Mentre la presenza di un residuo Trp e di una molecola d'acqua non sembra influenzare la natura della coordinazione del Cu, tutte le simulazioni confermano una grande stabilit√° del legame fra il Cu e gli azoti amidici delle Gly deprotonate. In effetti si mostra che la...
Description: 20. ciclo
URI: http://hdl.handle.net/2108/474
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